El 18 de septiembre de 2016, el Congreso de Guatemala aprobó el Código de Migración el cual deroga al decreto 95-98 Ley de Migración. Esta nueva normativa que adapta una perspectiva en Derechos Humanos, consagra el derecho a migrar y reconoce el deber del Estado Guatemalteco de atender, asistir, y proteger a las y los migrantes, y de asegurar el goce de sus derechos. El Código de Migración de Guatemala constituye un avance considerable en el reconocimiento de los migrantes como sujetos de derechos y más aún, en la visibilización de la mujer migrante en la normative nacional.
El decreto reconoce a la mujer migrante con o sin documento el acceso a servicios públicos de salud sexual y reproductiva, y a recibir las principales vacunaciones de inmunización de acuerdo a la política nacional de salud, en plena igualdad a los guatemaltecos (art.13). De la misma manera, las niñas y adolescentes embarazadas o con hijos que están no acompañadas o separadas de sus familias tienen "derecho a ser atendidas en programas especializados y diferenciados ambulatorios o abrigado en casas especiales" (art.11).
En el articulo relativo a los derechos sociales mínimos de los trabajadores migrantes, el código considera fundamental "el derecho de las mujeres trabajadoras migrantes a la protección especial para su condición de maternidad" (art.23). 
En el capítulo que trata del ingreso de personas extranjeras a Guatemala, la condición de mujer migrante que declara ser víctima de violencia sexual, o estar perseguida con esos fines, o víctima de violencia intrafamiliar constituye una situación no prevista que permite acceder a un abrigo temporal, y permite a la mujer migrante tener asistencia en salud. Además, la víctima goza del derecho a no ser retornada en el caso de grave amenaza de ser víctima de violencia sexual en cualquiera de sus formas (art.71 c). 
En el marco de los procedimientos para la protección de niños, niñas y adolescentes no acompañados y separados de sus familias, está garantizado el principio de no discriminación, sea por la condición migratoria, la nacionalidad o la condición sexual. Sin embargo, tal principio incluye "la diferenciación fundada en la diversidad de necesidades de protección, como la asociada a la edad, la diversidad sexual y el género"(art.170).
En la creación de las estructuras administrativas y operativas, se nota también la necesidad de prestar atención especial a las "mujeres migrantes embarazadas"(art.170).